Hoewel er veel overlap is tussen autisme, PDD-NOS en het Syndroom van Asperger, zijn er ook verschillen. Bijvoorbeeld bij autisme is er vaak een vertraging in de taal. Uit intelligentieonderzoek blijkt dan geregeld ook, dat bij hoog functionerende autisten de performale (visueel-ruimtelijke) capaciteiten beter zijn ontwikkeld dan de verbale capaciteiten. Bij mensen met het Syndroom van Asperger zijn juist de talige capaciteiten beter ontwikkeld dan de performale capaciteiten. Overigens wordt het verbale capaciteitenniveau gerelateerd aan de functies van de linker hersenhelft en worden de performale capaciteiten gerelateerd aan functies van de rechter hersenhelft. PDD-NOS is een erg heterogene groep, er zit veel variatie in de klachten en de ernst ervan, waardoor het moeilijker is om algemene uitspraken te doen over het te verwachten capaciteitenniveau. 

Hoewel er veel overlap is tussen autisme, PDD-NOS en het Syndroom van Asperger, zijn er ook verschillen. Bijvoorbeeld bij autisme is er vaak een vertraging in de taal. Uit intelligentieonderzoek blijkt dan geregeld ook, dat bij hoog functionerende autisten de performale (visueel-ruimtelijke) capaciteiten beter zijn ontwikkeld dan de verbale capaciteiten. Bij mensen met het Syndroom van Asperger zijn juist de talige capaciteiten beter ontwikkeld dan de performale capaciteiten. Overigens wordt het verbale capaciteitenniveau gerelateerd aan de functies van de linker hersenhelft en worden de performale capaciteiten gerelateerd aan functies van de rechter hersenhelft. PDD-NOS is een erg heterogene groep, er zit veel variatie in de klachten en de ernst ervan, waardoor het moeilijker is om algemene uitspraken te doen over het te verwachten capaciteitenniveau.

In het algemeen geldt dat het voor kinderen en volwassen met autisme, PDD-NOS of het Syndroom van Asperger, moeilijk is om te plannen, flexibel te denken, te anticiperen op consequenties van gedrag en automatische impulsen te onderdrukken. Dit zijn functies van de prefrontale (voorste) hersengebieden. Autisten blijken het dan ook significant slechter te doen op taken die een beroep doen op deze frontale hersenfuncties, ook wel executieve functies genaamd. Een ander belangrijk aspect wat is onderzocht bij autisme en het Syndroom van Asperger is de waarneming van gezichten en emotionele gezichtsexpressies. Steeds meer onderzoekers leveren bewijs voor het idee dat individuen met autisme en het Syndroom van Asperger op een andere manier gezichten waarnemen dan de gemiddelde populatie. Ze zouden gezichten op dezelfde wijze waarnemen als de wijze waarop ze objecten waarnemen. Dit terwijl de waarneming van gezichten in principe een ander proces in de hersenen beslaat dan het waarnemen van emotionele gezichtsexpressies. De rechter hersenhelft speelt een belangrijke rol in de waarneming van gezichten en emotionele gezichtsexpressies. Het vermoeden is dan ook dat problemen in het functioneren van de rechter hersenhelft mede ten grondslag liggen aan de pervasieve ontwikkelingsstoornissen.